More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0788 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  665    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 299 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 295 aa  350  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 295 aa  348  8e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 295 aa  348  8e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 295 aa  348  8e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 295 aa  348  8e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 295 aa  348  8e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 295 aa  348  8e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  53.92 
 
 		 320 aa  315  6e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  53.58 
 
 		 320 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 314 aa  312  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 317 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 314 aa  100  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 303 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 304 aa  96.3  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 315 aa  92.8  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 316 aa  92.4  9e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  28.15 
 
 		 300 aa  89.7  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  89.7  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  89.4  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 324 aa  89  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 295 aa  89  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 290 aa  87  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 321 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  28.57 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  21.19 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.57 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 301 aa  82.4  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4677  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 343 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0483253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  23.85 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.93 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  26.64 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>