More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_3076 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  100 
 
 
281 aa  568  1e-161  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  59.64 
 
 
283 aa  333  3e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  50.95 
 
 
300 aa  288  8e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  50.19 
 
 
284 aa  258  9e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  44.36 
 
 
288 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  44.09 
 
 
287 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 
287 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 
280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 
317 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 
306 aa  216  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 
299 aa  211  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 
288 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  42.14 
 
 
283 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 
288 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
288 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
288 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  44.07 
 
 
299 aa  207  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.8 
 
 
288 aa  191  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
282 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
283 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
289 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
289 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
289 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 
289 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
306 aa  156  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
282 aa  156  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 
294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
286 aa  155  7e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
290 aa  155  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
282 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  32.45 
 
 
297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
285 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 
290 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  32.86 
 
 
279 aa  149  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
286 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  31.7 
 
 
297 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  32.83 
 
 
284 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 
283 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  32.83 
 
 
273 aa  132  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  31.11 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  31.58 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  32.97 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  32.97 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  32.97 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  32.97 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  32.97 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  32.97 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  32.97 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
281 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  32.97 
 
 
279 aa  125  5e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  32.46 
 
 
275 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  29.89 
 
 
277 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  32.71 
 
 
278 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  32.71 
 
 
278 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  32.71 
 
 
278 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  32.34 
 
 
278 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  32.09 
 
 
275 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  32.45 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  31.29 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  31.29 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  31.29 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
281 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  26.35 
 
 
282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
289 aa  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
310 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
291 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
297 aa  95.9  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
296 aa  95.9  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.55 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  37.35 
 
 
290 aa  95.1  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
310 aa  94.4  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  34.94 
 
 
292 aa  93.6  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 
297 aa  94  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
311 aa  92.8  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
304 aa  92.8  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 
311 aa  92.8  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4827  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 
300 aa  92.4  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.133031  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
316 aa  92.4  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
297 aa  92.4  8e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
327 aa  91.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 
303 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
329 aa  90.1  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 
332 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
297 aa  90.1  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
303 aa  89.7  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 
302 aa  89.7  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.52 
 
 
300 aa  89.7  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
316 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.62 
 
 
314 aa  89  8e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
316 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0035  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
312 aa  89  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 
295 aa  89  9e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
294 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
296 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  37.06 
 
 
297 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
297 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>