More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3346 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  99.65 
 
 		 288 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  98.61 
 
 		 288 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  95.14 
 
 		 288 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  70.38 
 
 		 306 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  65.62 
 
 		 287 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 287 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  65.6 
 
 		 283 aa  378  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  61.05 
 
 		 288 aa  357  9e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 283 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  47.5 
 
 		 288 aa  248  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 280 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 282 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  41.01 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  39.92 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  38.77 
 
 		 283 aa  191  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 279 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 282 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  28.67 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 290 aa  122  7e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  28.88 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  26.43 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  29.66 
 
 		 275 aa  112  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  28.57 
 
 		 279 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 286 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  26.32 
 
 		 275 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  27.97 
 
 		 275 aa  106  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  27.85 
 
 		 275 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  26.49 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  25.54 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  25.54 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  25.54 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  26.37 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  26.37 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  23.86 
 
 		 273 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  26.37 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  26.37 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  26.37 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  26.37 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  26.01 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  26.01 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  25 
 
 		 278 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 289 aa  89.4  7e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  25.64 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  24.63 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  24.63 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  24.63 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  23.88 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.46 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 294 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 292 aa  75.5  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 291 aa  75.5  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  30.81 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  32.42 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>