More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2759 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  100 
 
 		 282 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 286 aa  208  8e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 289 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 286 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  38.63 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  38.55 
 
 		 284 aa  205  8e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 286 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 285 aa  204  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 289 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  38.55 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  170  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  35.71 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  32.73 
 
 		 275 aa  152  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  36.2 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  33.82 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  33.57 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  33.57 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  33.57 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  32.36 
 
 		 275 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  32.73 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  29 
 
 		 273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.07 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  30.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  30.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  30.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  30.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  30.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  30.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  30.77 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  31.7 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  30.77 
 
 		 279 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  30.4 
 
 		 278 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  30.04 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  30.04 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  30.04 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  29.67 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  27.14 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 288 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  26.54 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 288 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 288 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 288 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 287 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 		 287 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 281 aa  95.9  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  23.26 
 
 		 283 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  36.61 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  22.81 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.81 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  45.12 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4535  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>