More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5068 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  640    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  59.33 
 
 		 282 aa  321  9.000000000000001e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  54.04 
 
 		 288 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  51.26 
 
 		 280 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 288 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 288 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 287 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 288 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  45.49 
 
 		 283 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 300 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  42.24 
 
 		 283 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  41.37 
 
 		 281 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.41 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 284 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  33.21 
 
 		 282 aa  155  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 285 aa  149  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 282 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 286 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  31.18 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 281 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  32.69 
 
 		 284 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  31.29 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 289 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  32.31 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 281 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  32.6 
 
 		 275 aa  126  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  29.21 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  28.62 
 
 		 275 aa  122  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 281 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  28.78 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  28.78 
 
 		 279 aa  117  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  28.68 
 
 		 278 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  30.57 
 
 		 278 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  31.86 
 
 		 275 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  30.57 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  30.57 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  28.23 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  30.57 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  28.23 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  28.23 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  30.53 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  31.42 
 
 		 275 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 307 aa  99.4  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 329 aa  89.7  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 289 aa  88.2  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  37.43 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 336 aa  86.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  35.67 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 332 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  34.76 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.99 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>