More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1482 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 284 aa  585  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  69.72 
 
 		 286 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 289 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 282 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  71.43 
 
 		 289 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  71.99 
 
 		 289 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 286 aa  410  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 285 aa  411  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  71.07 
 
 		 289 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  71.48 
 
 		 286 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  70.5 
 
 		 279 aa  403  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  67.26 
 
 		 290 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 290 aa  243  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 281 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  41.52 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 294 aa  215  7e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  44.32 
 
 		 275 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  43.37 
 
 		 277 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  45.32 
 
 		 275 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  43.66 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  43.66 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  43.66 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  38.55 
 
 		 282 aa  205  8e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  42.55 
 
 		 275 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  42.55 
 
 		 275 aa  202  4e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 282 aa  189  5e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  37.81 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  37.46 
 
 		 278 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  37.46 
 
 		 278 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  37.46 
 
 		 278 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  37.46 
 
 		 278 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  36.88 
 
 		 273 aa  175  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  37.68 
 
 		 279 aa  175  8e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 279 aa  175  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  37.68 
 
 		 279 aa  175  8e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  37.68 
 
 		 279 aa  175  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  37.68 
 
 		 279 aa  175  8e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  37.68 
 
 		 279 aa  175  8e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  37.68 
 
 		 279 aa  175  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  37.32 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  37.32 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  32.83 
 
 		 281 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 317 aa  142  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  33.08 
 
 		 283 aa  132  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  31.34 
 
 		 287 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 283 aa  132  9e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  32.86 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 288 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 288 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.72 
 
 		 288 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 279 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 281 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 281 aa  92  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 289 aa  86.3  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.59 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  27.97 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0188  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  29.69 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  46.34 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>