More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpAngola_A0478 on replicon NC_010159
Organism: Yersinia pestis Angola



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  100 
 
 		 293 aa  598  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  100 
 
 		 293 aa  598  1e-170  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  100 
 
 		 293 aa  598  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  78.6 
 
 		 277 aa  452  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  75.62 
 
 		 275 aa  426  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  75.62 
 
 		 275 aa  425  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  71.08 
 
 		 275 aa  408  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  69.37 
 
 		 275 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  62.59 
 
 		 278 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  62.59 
 
 		 278 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  62.59 
 
 		 278 aa  346  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  62.59 
 
 		 278 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  62.59 
 
 		 278 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  61.84 
 
 		 279 aa  342  5e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  61.79 
 
 		 273 aa  341  7e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  61.48 
 
 		 279 aa  340  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  61.48 
 
 		 279 aa  340  2e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  61.48 
 
 		 279 aa  340  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  61.48 
 
 		 279 aa  340  2e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  61.48 
 
 		 279 aa  340  2e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  61.48 
 
 		 279 aa  340  2e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  61.13 
 
 		 279 aa  338  7e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  61.13 
 
 		 279 aa  338  7e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 290 aa  208  7e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 289 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  43.66 
 
 		 284 aa  206  4e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 289 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 285 aa  204  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 286 aa  202  5e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 282 aa  202  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  43.15 
 
 		 279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 290 aa  195  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  35.11 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 281 aa  155  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  34.4 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  33.57 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 282 aa  139  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  32.35 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  31.29 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  29.83 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 283 aa  108  8.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  28.37 
 
 		 283 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 299 aa  99.4  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 288 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 288 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 297 aa  92.4  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 283 aa  91.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  37.66 
 
 		 350 aa  91.7  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 310 aa  89.7  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.73 
 
 		 288 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  27.41 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 		 363 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 329 aa  82.4  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 348 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1157  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5814  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0813  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.192119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 345 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>