More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2199 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  74.64 
 
 		 283 aa  427  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 281 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  33.59 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 282 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  30.14 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 280 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.96 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 306 aa  115  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 281 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  29.96 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 284 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 289 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 289 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 289 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  28.96 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 285 aa  102  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  102  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 286 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 286 aa  99.4  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  27.84 
 
 		 275 aa  97.1  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 282 aa  96.7  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  25.19 
 
 		 282 aa  95.9  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  26.67 
 
 		 275 aa  95.9  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  28.14 
 
 		 284 aa  92  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  26.82 
 
 		 277 aa  91.3  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  27.73 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 281 aa  87.4  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  27.24 
 
 		 273 aa  87  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  27.34 
 
 		 275 aa  87  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  26.32 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 294 aa  85.5  9e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  25.44 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  36.23 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  26.87 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  26.87 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  26.87 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  26.04 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  26.14 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  26.14 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  26.14 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  26.14 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  26.14 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  26.14 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  26.14 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  26.14 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  25.19 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  25.19 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  25.19 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 333 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  24.62 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 310 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 		 291 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 310 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  29.58 
 
 		 363 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  34.06 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>