More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1997 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  599  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  74.91 
 
 		 285 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 286 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  75.45 
 
 		 289 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  74.04 
 
 		 289 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  73.68 
 
 		 289 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  75.45 
 
 		 289 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 286 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  74.37 
 
 		 282 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  73.74 
 
 		 286 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  67.26 
 
 		 284 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  66.91 
 
 		 279 aa  387  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 281 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  43.32 
 
 		 297 aa  239  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  42.96 
 
 		 297 aa  238  5.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 294 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 290 aa  221  8e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  44.78 
 
 		 277 aa  202  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  41.54 
 
 		 275 aa  202  5e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  41.35 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  41.54 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  42.75 
 
 		 275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  36.69 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  41.76 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  41.76 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  41.76 
 
 		 293 aa  195  7e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  38.29 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  38.29 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  38.29 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  38.1 
 
 		 278 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  38.29 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  38.29 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  38.1 
 
 		 278 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  38.29 
 
 		 279 aa  178  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  38.29 
 
 		 279 aa  178  8e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  38.29 
 
 		 279 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  37.73 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  37.73 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  37.73 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  36.16 
 
 		 273 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  34.51 
 
 		 281 aa  155  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 282 aa  136  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  31.79 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  31.79 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 288 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 280 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.62 
 
 		 288 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 283 aa  108  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.28 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  30.61 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  25.35 
 
 		 363 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.53 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.27 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  23.91 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  28.65 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>