More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1102 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  594  1e-169  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 282 aa  106  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 281 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2646  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 289 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 289 aa  99  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 289 aa  99  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 320 aa  97.4  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 332 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.82 
 
 		 289 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 290 aa  95.5  8e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 295 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  31.87 
 
 		 275 aa  92.8  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 321 aa  92.4  9e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  24.33 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  32.18 
 
 		 275 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 288 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  23.91 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  25.2 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  24.04 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  25.62 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0835  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  31.87 
 
 		 275 aa  89.4  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 287 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 288 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 286 aa  89.4  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10830  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 291 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 306 aa  89  8e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 279 aa  89  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  24.54 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1652  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0547251  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  24.04 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 317 aa  88.2  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  24.15 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 322 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  31.03 
 
 		 332 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 281 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 314 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  24.01 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 286 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 283 aa  86.7  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 283 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  32.41 
 
 		 273 aa  86.3  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  25.56 
 
 		 284 aa  86.3  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  25.25 
 
 		 284 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  32.08 
 
 		 275 aa  85.9  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 316 aa  85.5  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 283 aa  85.5  9e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 297 aa  85.5  9e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  24.39 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>