More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0178 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 290 aa  595  1e-169  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  41.52 
 
 		 284 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 286 aa  230  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 285 aa  230  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  41.07 
 
 		 279 aa  229  3e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 286 aa  229  3e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 289 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  41.82 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 289 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 286 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 290 aa  221  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  44.57 
 
 		 275 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 282 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  40.34 
 
 		 293 aa  208  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  40.34 
 
 		 293 aa  208  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  40.34 
 
 		 293 aa  208  7e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  42.6 
 
 		 273 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  40.48 
 
 		 277 aa  205  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  41.7 
 
 		 275 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  41.37 
 
 		 278 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  41.73 
 
 		 278 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  41.73 
 
 		 278 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  41.73 
 
 		 278 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  41.73 
 
 		 278 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  40.14 
 
 		 275 aa  201  8e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  41.07 
 
 		 279 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  41.07 
 
 		 279 aa  200  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  41.07 
 
 		 279 aa  200  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  41.07 
 
 		 279 aa  200  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  41.07 
 
 		 279 aa  200  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  41.07 
 
 		 279 aa  200  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  41.07 
 
 		 279 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  41.07 
 
 		 279 aa  200  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  41.07 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  39.78 
 
 		 275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 281 aa  185  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  185  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  35.59 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 282 aa  176  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  32.03 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  33.57 
 
 		 281 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  34.85 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  33.09 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 317 aa  139  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  33.8 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 288 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  29.85 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 284 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 282 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 288 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.46 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 283 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 289 aa  95.5  8e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 281 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  24.06 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 281 aa  82.4  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.13 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  42.15 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.44 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.35 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.35 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.78 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  36.94 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1393  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.182741 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 350 aa  75.5  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 363 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7048  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 328 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.7 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 308 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>