More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_0429 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  592  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  47.51 
 
 		 283 aa  261  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 288 aa  255  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 288 aa  255  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  42.91 
 
 		 287 aa  251  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 287 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 306 aa  241  7e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.43 
 
 		 288 aa  235  7e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 288 aa  202  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 280 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 284 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 281 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  32.71 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  156  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  29.6 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  30.55 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 286 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 285 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 290 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 286 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 281 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  27.44 
 
 		 275 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  26.34 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  26.34 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  27.24 
 
 		 284 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  26.62 
 
 		 275 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  28.32 
 
 		 279 aa  98.2  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  25.99 
 
 		 277 aa  95.5  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  26.24 
 
 		 273 aa  95.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 291 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  25.91 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  25.91 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  25.91 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  24.35 
 
 		 278 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  23.99 
 
 		 278 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  23.99 
 
 		 278 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  23.99 
 
 		 278 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  23.99 
 
 		 278 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  25.09 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  25.09 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  25.09 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  25.09 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  25.09 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  25.09 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  25.09 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  25.09 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 285 aa  80.1  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  31.76 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2661  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2380  transcriptional regulator, LysR family  33.16 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2329  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.77 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0476  transcriptional regulator, LysR family  23.1 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000749343 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  26.63 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.74 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1121  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 336 aa  69.3  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4759  transcriptional regulator, LysR family  22.18 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.658857  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>