More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4180 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  570  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  87.37 
 
 		 287 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  81.05 
 
 		 285 aa  420  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  79.65 
 
 		 285 aa  413  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  74.3 
 
 		 285 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  53.09 
 
 		 283 aa  289  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 285 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 285 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 285 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 285 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  56.79 
 
 		 283 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 285 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4894  LysR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 285 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4400  LysR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 283 aa  232  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0446216 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0874  LysR family transcriptional regulator  55.68 
 
 		 291 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2572  transcriptional regulator  55.68 
 
 		 291 aa  231  9e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1668  LysR family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3582  transcriptional regulator, LysR family  58.24 
 
 		 282 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 285 aa  228  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  55.31 
 
 		 291 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0085  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 288 aa  221  8e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0587  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0390525  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 285 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 285 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 285 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3912  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 282 aa  185  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3621  regulatory protein LysR  41.61 
 
 		 282 aa  185  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41840  LysR family regulatory protein  32.04 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  34.07 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  34.07 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  34.07 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  32.98 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  34.07 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  32.98 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 312 aa  132  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.7 
 
 		 312 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 307 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 309 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 283 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  32.36 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  32.36 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  32.36 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  32.36 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  32.36 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  32.36 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  32.36 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 290 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 306 aa  122  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 283 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 283 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 283 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  33.84 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 283 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  33.58 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 367 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  31.51 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>