More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4560 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  557  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  81.75 
 
 		 287 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  79.3 
 
 		 285 aa  402  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  79.65 
 
 		 288 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  75.35 
 
 		 285 aa  374  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  53.45 
 
 		 283 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 285 aa  266  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 285 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 285 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 285 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  56.07 
 
 		 283 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 285 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0874  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2572  transcriptional regulator  57.09 
 
 		 291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1668  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 291 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 285 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 285 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4400  LysR family transcriptional regulator  57.74 
 
 		 283 aa  224  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0446216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4894  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0085  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 285 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 285 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 285 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0587  LysR family transcriptional regulator  55.43 
 
 		 291 aa  207  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0390525  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3582  transcriptional regulator, LysR family  53.46 
 
 		 282 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3912  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 282 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3621  regulatory protein LysR  41.64 
 
 		 282 aa  182  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41840  LysR family regulatory protein  29.79 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 316 aa  148  9e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  36.8 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 311 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 309 aa  137  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  36.4 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  36.4 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  36.4 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  36.02 
 
 		 312 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  36.02 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  36.64 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  36.64 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  36.64 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  36.64 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  35.25 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  35.25 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  35.25 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  33.69 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  33.69 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  32.62 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  33.85 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  34.21 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 298 aa  118  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 283 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 283 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 316 aa  112  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 282 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>