More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3912 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3912  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 282 aa  551  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3621  regulatory protein LysR  98.58 
 
 		 282 aa  546  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 285 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 285 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 285 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 285 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 285 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 285 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4894  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 285 aa  168  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 285 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4400  LysR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 283 aa  148  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0446216 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0085  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1668  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2572  transcriptional regulator  41.83 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0874  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3582  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0587  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0390525  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41840  LysR family regulatory protein  29.93 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 291 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 291 aa  112  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  33.1 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  34.88 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  34.88 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 296 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 290 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 284 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 283 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 292 aa  102  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 284 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 312 aa  99.4  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 298 aa  99  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  30.23 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  35.14 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  30.23 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  30.23 
 
 		 312 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 283 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  30.23 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 283 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 283 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 283 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 287 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 287 aa  95.9  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 271 aa  95.9  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>