More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3582 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3582  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 282 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4894  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 285 aa  297  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  53.99 
 
 		 283 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 287 aa  259  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 285 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 285 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 285 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 285 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 285 aa  253  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  58.18 
 
 		 288 aa  249  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 285 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  52.81 
 
 		 285 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  52.09 
 
 		 285 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 285 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  51.46 
 
 		 283 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0874  LysR family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 291 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1668  LysR family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 291 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2572  transcriptional regulator  52.52 
 
 		 291 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0085  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 285 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4400  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0446216 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 285 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 285 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3912  transcriptional regulator, LysR family  41.73 
 
 		 282 aa  186  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3621  regulatory protein LysR  41.37 
 
 		 282 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0587  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0390525  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41840  LysR family regulatory protein  30.04 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 289 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  33.73 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 284 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  33.85 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 283 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 309 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 284 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 283 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2650  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 283 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  33.83 
 
 		 289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 289 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  112  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 280 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.86 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.17 
 
 		 291 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 292 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  29.2 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  26.81 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  26.45 
 
 		 283 aa  105  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1099  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.421675  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 287 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 294 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>