More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5440 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  77.11 
 
 		 287 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  79.93 
 
 		 285 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  75.35 
 
 		 285 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  74.3 
 
 		 288 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  50.91 
 
 		 283 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  52.69 
 
 		 285 aa  278  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  52.69 
 
 		 285 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  52.69 
 
 		 285 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  52.69 
 
 		 285 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 283 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4400  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 283 aa  239  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0446216 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 285 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0874  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  53.41 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1668  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  53.41 
 
 		 285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2572  transcriptional regulator  52.1 
 
 		 291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 285 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 		 291 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0085  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3582  transcriptional regulator, LysR family  53.21 
 
 		 282 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4894  LysR family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0587  LysR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 291 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0390525  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 285 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 285 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 285 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3912  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 		 282 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3621  regulatory protein LysR  40.07 
 
 		 282 aa  176  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41840  LysR family regulatory protein  29.23 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 310 aa  128  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  32.04 
 
 		 309 aa  128  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  32.04 
 
 		 309 aa  128  9.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 298 aa  125  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 289 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.42 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.42 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.42 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  33.09 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 		 284 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.03 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.03 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  32.12 
 
 		 292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.3 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 323 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  30.85 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 288 aa  115  8.999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>