More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4894 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4894  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3582  transcriptional regulator, LysR family  64.5 
 
 		 282 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 285 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 285 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 285 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  49.09 
 
 		 283 aa  255  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  54.8 
 
 		 287 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  50.9 
 
 		 285 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  53.07 
 
 		 285 aa  235  8e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  55.23 
 
 		 288 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 285 aa  229  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 285 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  51.07 
 
 		 285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 285 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 285 aa  206  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0085  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 288 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3912  transcriptional regulator, LysR family  44.04 
 
 		 282 aa  198  7e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3621  regulatory protein LysR  43.68 
 
 		 282 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4400  LysR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0446216 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 285 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 285 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 285 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1668  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2572  transcriptional regulator  51.08 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0874  LysR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0587  LysR family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0390525  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41840  LysR family regulatory protein  31.23 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 289 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 316 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  33.07 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  33.33 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 309 aa  113  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 284 aa  112  5e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 292 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4883  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 290 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.46 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  30.12 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.46 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  29.33 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  29.33 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.46 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.46 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 294 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 283 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0524  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 280 aa  102  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 367 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 282 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  29.07 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  28.29 
 
 		 312 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 312 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  28.29 
 
 		 312 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 286 aa  99.4  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 284 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>