More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3222 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  99.65 
 
 		 285 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  92.63 
 
 		 285 aa  471  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  95.44 
 
 		 285 aa  463  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  92.63 
 
 		 285 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  92.63 
 
 		 285 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  92.63 
 
 		 285 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  81.08 
 
 		 305 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1668  LysR family transcriptional regulator  81.08 
 
 		 305 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  81.08 
 
 		 305 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  81.08 
 
 		 305 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2572  transcriptional regulator  82.62 
 
 		 291 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0874  LysR family transcriptional regulator  82.62 
 
 		 291 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  82.27 
 
 		 291 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0587  LysR family transcriptional regulator  84.4 
 
 		 291 aa  368  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0390525  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 		 283 aa  329  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4400  LysR family transcriptional regulator  70.57 
 
 		 283 aa  314  9e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0446216 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 285 aa  259  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 285 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 285 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 285 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  49.64 
 
 		 283 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 287 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 285 aa  238  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  55.72 
 
 		 285 aa  237  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  54.68 
 
 		 288 aa  232  7.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  53.07 
 
 		 285 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4894  LysR family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 285 aa  211  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3582  transcriptional regulator, LysR family  53.18 
 
 		 282 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3621  regulatory protein LysR  43.8 
 
 		 282 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3912  transcriptional regulator, LysR family  43.8 
 
 		 282 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 299 aa  193  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0085  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 288 aa  186  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 292 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41840  LysR family regulatory protein  32.04 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 283 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 309 aa  148  8e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 294 aa  146  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  37.74 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  38.08 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 283 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 283 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.02 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  38.58 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 284 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  38.58 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.09 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3176  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 281 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  37.91 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  38.02 
 
 		 317 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  36.47 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3573  hypothetical protein  38.87 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 309 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  34.8 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 282 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0678  transcriptional regulator, LysR family  37.18 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.149422  normal  0.525189 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 284 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.11 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.11 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  35.11 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>