More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0620 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0620  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  594  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.728294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  49.11 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  49.11 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  49.11 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 285 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  47.83 
 
 		 283 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0510  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5440  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 285 aa  195  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.21041 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 285 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0948  LysR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 285 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 285 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0085  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 288 aa  189  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4180  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 288 aa  188  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 285 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4400  LysR family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0446216 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0291  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1668  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0323  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1471  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.947869  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0874  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2572  transcriptional regulator  46.34 
 
 		 291 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4510  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 285 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0990814  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3673  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 285 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395777 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3854  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 285 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2436  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 291 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738195  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0587  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0390525  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4894  LysR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 285 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658028  normal  0.130957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3582  transcriptional regulator, LysR family  45.11 
 
 		 282 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41840  LysR family regulatory protein  30.39 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3912  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 282 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3621  regulatory protein LysR  37.01 
 
 		 282 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.248006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  33.08 
 
 		 292 aa  126  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 309 aa  123  5e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 292 aa  122  9e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0984  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.95626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 281 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 284 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  28.92 
 
 		 312 aa  112  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  28.92 
 
 		 312 aa  112  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 292 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  28.92 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  28.92 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3823  LysR substrate-binding  32.83 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  28.92 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 293 aa  112  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  28.92 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  28.92 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 288 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4131  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 284 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 298 aa  108  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 282 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  29.92 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  28.97 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  32.13 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  33.07 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>