More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0014 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  100 
 
 
282 aa  577  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  97.16 
 
 
282 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  96.45 
 
 
282 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  63.18 
 
 
281 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  46.91 
 
 
276 aa  252  4.0000000000000004e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0413  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 
302 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
296 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
321 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 
322 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 
322 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
283 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
283 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
316 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
283 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.63 
 
 
332 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
283 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
284 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  35 
 
 
284 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 
309 aa  168  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
285 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 
285 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35 
 
 
296 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
285 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
295 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
294 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
296 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 
293 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
284 aa  155  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
290 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
285 aa  154  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  35.83 
 
 
289 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 
304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
279 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
299 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
285 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
319 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 
298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 
295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
290 aa  138  7.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 
293 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
283 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
305 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
283 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
287 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
282 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
290 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
292 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
291 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
283 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 
299 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
285 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
306 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.150057 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  31.8 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  31.8 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  31.8 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  31.8 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  31.8 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
306 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  31.8 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  31.8 
 
 
312 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
291 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 
312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 
291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
348 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
348 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
290 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 
294 aa  129  7.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 
302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1770  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
293 aa  126  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal  0.0253433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
286 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>