More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2897 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  608  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  71.82 
 
 		 297 aa  450  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  71.67 
 
 		 297 aa  449  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  74.82 
 
 		 281 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  68.9 
 
 		 306 aa  426  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 285 aa  239  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 286 aa  236  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 290 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  44.24 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 286 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 286 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 289 aa  232  6e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  42.65 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  41.11 
 
 		 284 aa  215  8e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 290 aa  185  9e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  37.27 
 
 		 282 aa  169  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  32.83 
 
 		 281 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  34.93 
 
 		 275 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  34.16 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  34.16 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  34.16 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  35.34 
 
 		 275 aa  155  8e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  35.34 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  34.22 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  34.18 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  34.96 
 
 		 279 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  34.96 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  34.96 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  34.96 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  34.96 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  34.96 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  34.96 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  34.96 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  34.96 
 
 		 279 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  32.73 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  32.13 
 
 		 273 aa  145  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  32.36 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  33.08 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  32.36 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  32.36 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 300 aa  138  8.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 287 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  29.01 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  31.02 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 282 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.18 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 284 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 283 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 281 aa  85.5  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 281 aa  82.4  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  29.3 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  30.97 
 
 		 363 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 283 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 283 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 283 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.42 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>