More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4155 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  100 
 
 		 279 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  99.64 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  99.64 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  99.64 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  99.28 
 
 		 279 aa  571  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  99.28 
 
 		 279 aa  571  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  99.64 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  99.64 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  99.64 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  87 
 
 		 278 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  87 
 
 		 278 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  86.96 
 
 		 278 aa  501  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  86.28 
 
 		 278 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  86.28 
 
 		 278 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  84.06 
 
 		 273 aa  481  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  63.84 
 
 		 275 aa  352  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  63.14 
 
 		 277 aa  349  2e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  62.55 
 
 		 275 aa  345  4e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  62.18 
 
 		 275 aa  343  2e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  61.84 
 
 		 293 aa  342  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  61.84 
 
 		 293 aa  342  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  61.84 
 
 		 293 aa  342  4e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  61.51 
 
 		 275 aa  336  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  41.07 
 
 		 290 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 289 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 285 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 286 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  39.71 
 
 		 279 aa  175  9e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  37.68 
 
 		 284 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  33.45 
 
 		 297 aa  155  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 281 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 282 aa  142  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 281 aa  125  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  30.77 
 
 		 282 aa  123  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 287 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  34.1 
 
 		 287 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 306 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 282 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  29.96 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  30.32 
 
 		 283 aa  97.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  29.32 
 
 		 283 aa  97.4  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 288 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.89 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 297 aa  95.9  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 288 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 299 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 288 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 316 aa  92.8  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 284 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 350 aa  90.1  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  85.9  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 316 aa  86.3  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 316 aa  85.9  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 319 aa  85.9  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 283 aa  83.6  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3644  transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 		 327 aa  82.4  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  31.55 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0872  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1961  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0276  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.000191888  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0953  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1003  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>