More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3668 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  580  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  74.82 
 
 		 294 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  67.63 
 
 		 297 aa  404  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  67.27 
 
 		 297 aa  401  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 306 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  47.29 
 
 		 279 aa  250  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 290 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 285 aa  242  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 286 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 286 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 282 aa  239  5e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 286 aa  237  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 289 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 289 aa  231  9e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 289 aa  231  9e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  42.65 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 290 aa  185  8e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 282 aa  182  5.0000000000000004e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  34.56 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  37.32 
 
 		 275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  36.97 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  35.71 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  36.04 
 
 		 275 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  37.01 
 
 		 275 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  34.71 
 
 		 293 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  34.71 
 
 		 293 aa  155  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  34.71 
 
 		 293 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  32.75 
 
 		 279 aa  149  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  32.75 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  32.75 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  32.75 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  32.75 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  32.75 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  32.75 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  32.75 
 
 		 279 aa  149  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  30.42 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  35.14 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  35.14 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  35.14 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  35.14 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  35.14 
 
 		 278 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  32.62 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  32.2 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  31.2 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  29.39 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 299 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 283 aa  125  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.72 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 288 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 281 aa  90.9  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 281 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 		 363 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 316 aa  75.5  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.21 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.11 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.76 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 350 aa  73.9  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 347 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.91 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.91 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  22.86 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 283 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.64 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.64 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>