More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2990 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 300 aa  223  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  45.74 
 
 		 288 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 281 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 299 aa  201  9e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 288 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  41.3 
 
 		 283 aa  196  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  41.13 
 
 		 287 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 279 aa  195  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 280 aa  195  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 288 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.61 
 
 		 288 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 317 aa  189  7e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  41.11 
 
 		 283 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 282 aa  136  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 289 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 289 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  33.33 
 
 		 275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  32.86 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  28.74 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  31.54 
 
 		 279 aa  123  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  31.7 
 
 		 282 aa  123  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  32.06 
 
 		 273 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 286 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  32.35 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  32.35 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  32.12 
 
 		 275 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  32.35 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 283 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  31.42 
 
 		 275 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  31.75 
 
 		 275 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  31.94 
 
 		 277 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  29.55 
 
 		 278 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  29.55 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  29.55 
 
 		 278 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  29.55 
 
 		 278 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  29.55 
 
 		 278 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  30.07 
 
 		 279 aa  106  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  30.07 
 
 		 279 aa  106  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  29.96 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  29.96 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  29.96 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  29.96 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  29.96 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  29.96 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 341 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  38.2 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.24 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7214  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.447875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15240  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182119  hitchhiker  0.000000000510266 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  23.28 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>