More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8089 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  626  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2462  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 294 aa  302  4.0000000000000003e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 319 aa  168  9e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2965  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 291 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5574  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  0.0662694 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  36.5 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  34.21 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 321 aa  128  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2998  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0860  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 319 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.86 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.5 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.33 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 319 aa  119  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.33 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.33 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.33 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.33 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  32.98 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  32.98 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  32.98 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.23 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  32.24 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  35.75 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.93 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.93 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.93 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.93 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.93 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 330 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  29.88 
 
 		 294 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.93 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 313 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.31 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  31.8 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.31 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 318 aa  106  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.62 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.57 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 308 aa  105  9e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.97 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  30.12 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>