More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2965 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2965  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  587  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5574  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 291 aa  265  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  0.0662694 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 319 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2462  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 331 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 297 aa  95.9  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 321 aa  95.9  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0066  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 322 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 321 aa  94.7  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 321 aa  92.8  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 311 aa  92.8  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 297 aa  92.4  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  92.4  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  28.68 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2998  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0860  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  35.53 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 297 aa  89  8e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 319 aa  89  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 325 aa  89  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 313 aa  88.2  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.07 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 300 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  25.83 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 343 aa  85.9  7e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  85.9  7e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  27.78 
 
 		 297 aa  85.5  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 316 aa  85.9  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 295 aa  85.5  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 318 aa  85.5  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 293 aa  85.5  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.68 
 
 		 311 aa  85.5  9e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  29.18 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  34.52 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  29.43 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.31 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  29.89 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  29.15 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>