More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4009 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  584  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2462  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 301 aa  118  9e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 319 aa  115  6e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2965  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 296 aa  109  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 303 aa  106  6e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 321 aa  105  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  28.69 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  27.36 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.36 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 319 aa  105  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.46 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  29 
 
 		 319 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  29 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  29 
 
 		 319 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  29 
 
 		 319 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  29 
 
 		 319 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  29 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.64 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 321 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  29 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  29 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.16 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.16 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.16 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.16 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  29.12 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.16 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.64 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5574  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  0.0662694 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 319 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 319 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 319 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 319 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 319 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 321 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 316 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 292 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.76 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  27.27 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0860  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 292 aa  99  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  25.88 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 301 aa  98.6  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 309 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  26.9 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  28.46 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  26.9 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  26.9 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 317 aa  98.2  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 320 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>