More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5574 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5574  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  0.0662694 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 319 aa  390  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2965  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 291 aa  275  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2462  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 306 aa  92.4  7e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 293 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 314 aa  89  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2998  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 289 aa  89  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.59 
 
 		 311 aa  88.2  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 309 aa  88.2  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 312 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 307 aa  87.4  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  28.16 
 
 		 314 aa  86.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 297 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  26.57 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.2 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 292 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 299 aa  85.5  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 308 aa  85.5  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.74 
 
 		 290 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.24 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  31.6 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  23.68 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1501  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.34 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02855  transcriptional regulator, LysR family protein  26.64 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0860  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  28.64 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  23.35 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.26 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  26.1 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.57 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.35 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.35 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>