More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0860 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0860  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2998  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2462  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 286 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2965  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 291 aa  99  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  26.84 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  26.77 
 
 		 324 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  26.77 
 
 		 324 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  26.77 
 
 		 324 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  26.77 
 
 		 324 aa  89  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1615  transcriptional regulator CysB  26.77 
 
 		 324 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000907367 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  26.56 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  28.74 
 
 		 317 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  26.56 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  27.92 
 
 		 324 aa  86.7  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  32.17 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 316 aa  86.7  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  25.81 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01945  transcriptional regulator CysB  25.65 
 
 		 324 aa  86.7  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00567188  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  26.13 
 
 		 324 aa  86.3  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  27.16 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  26.57 
 
 		 324 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  26.57 
 
 		 324 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 324 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  26.57 
 
 		 324 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  26.57 
 
 		 324 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  26.57 
 
 		 324 aa  85.5  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  26.57 
 
 		 324 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  33.5 
 
 		 299 aa  85.5  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  26.57 
 
 		 324 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0256  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 322 aa  85.5  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  26.57 
 
 		 324 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  26.21 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2228  transcriptional regulator CysB  26.21 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000587269  hitchhiker  0.00110252 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  26.21 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  25.28 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  26.21 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2649  transcriptional regulator CysB  25.1 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2096  transcriptional regulator CysB  26.51 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00807982  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2248  transcriptional regulator CysB  26.1 
 
 		 325 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.841929  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1450  transcriptional regulator CysB  25.2 
 
 		 325 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000786748  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1587  transcriptional regulator CysB  25.1 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.296126  normal  0.104148 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1662  transcriptional regulator CysB  25.1 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0319237  unclonable  0.0000181404 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  28.29 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1731  transcriptional regulator CysB  25.1 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00171097  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1537  transcriptional regulator CysB  25.51 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000242596  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.57 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  28.66 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.29 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.29 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5574  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  0.0662694 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.29 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2341  transcriptional regulator CysB  25.81 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00664929 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.29 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.74 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>