More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1646 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  568  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1528  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.946489  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2160  LysR family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2417  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2466  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.11864 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2625  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.351429 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2509  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  27.7 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.48 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.27 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.27 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.27 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.27 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 288 aa  98.2  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.27 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  28.95 
 
 		 278 aa  96.7  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.93 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  31.84 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  28.74 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  31.71 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  30.08 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  31.46 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.43 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  31.46 
 
 		 304 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.43 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.43 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.43 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  31.46 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.43 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.43 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  31.46 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  31.46 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  31.46 
 
 		 306 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  30.17 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.17 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.48 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  29.2 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  30.17 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.17 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.17 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.17 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.78 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  24.48 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.41 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.41 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.78 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 320 aa  89.7  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 319 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 299 aa  89  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 311 aa  89  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 319 aa  89  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.41 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  30.71 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 318 aa  88.2  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.79 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.06 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>