More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2797 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 278 aa  564  1e-160  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  82.37 
 
 		 280 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  68.52 
 
 		 278 aa  391  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  43.64 
 
 		 281 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 278 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 289 aa  195  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 279 aa  142  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 288 aa  115  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 278 aa  115  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 309 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  28.26 
 
 		 302 aa  99.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 323 aa  97.1  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 292 aa  96.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  29.49 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 302 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 290 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.04 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 300 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.75 
 
 		 290 aa  92  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.67 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 319 aa  92.4  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  29.03 
 
 		 292 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 257 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 300 aa  92  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 300 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  31.48 
 
 		 268 aa  91.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 300 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 300 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 300 aa  91.3  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  31.06 
 
 		 330 aa  90.9  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  28.74 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 304 aa  90.9  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  28.35 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  89.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.62 
 
 		 302 aa  89  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 296 aa  89  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  28.52 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  28.52 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.4 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.4 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.4 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.4 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.4 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 308 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.24 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 308 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3915  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  87.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 293 aa  87.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.66 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.4 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 291 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>