More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3712 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  577  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  82.37 
 
 		 278 aa  479  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 278 aa  250  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  43.64 
 
 		 278 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  45.7 
 
 		 280 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 279 aa  146  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 279 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 273 aa  142  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 278 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 280 aa  106  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  27.99 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 304 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 286 aa  86.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  28.91 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  27.13 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  26.13 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  26.75 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  25.5 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  25.5 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  25.5 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  25.5 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  25.5 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2965  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2160  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  25.1 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  25.1 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  25.1 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4115  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1472  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.477242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 418 aa  75.9  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1497  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.25861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1473  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1356  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0613141  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 307 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4319  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 276 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4404  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  27.8 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1528  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.946489  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  26.58 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  27.39 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  24.7 
 
 		 321 aa  72  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 292 aa  72  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>