More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4324 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 257 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 273 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  30.97 
 
 		 281 aa  122  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  30.86 
 
 		 278 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  30.86 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 295 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  33.74 
 
 		 295 aa  99  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  33.74 
 
 		 295 aa  99  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  33.96 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  33.74 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  33.74 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  33.96 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  33.96 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  34.27 
 
 		 304 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  34.27 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  34.27 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  34.27 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  34.27 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  34.27 
 
 		 306 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 326 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 326 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 326 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 313 aa  96.3  5e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  30.34 
 
 		 268 aa  95.5  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 305 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 313 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  33.87 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 301 aa  94  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 330 aa  93.6  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0953  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 309 aa  93.2  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  32.79 
 
 		 295 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  33.06 
 
 		 306 aa  92.4  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.39 
 
 		 305 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.39 
 
 		 305 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.39 
 
 		 305 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 323 aa  90.1  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.39 
 
 		 305 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.39 
 
 		 305 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 303 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  30.32 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 308 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.11 
 
 		 328 aa  89.7  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 307 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 318 aa  89.7  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 296 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.14 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 303 aa  89  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 319 aa  89  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 296 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.6 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.58 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.6 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.14 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.6 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  30.6 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.6 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.6 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.6 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>