More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3686 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  94.51 
 
 		 273 aa  529  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  90.98 
 
 		 279 aa  508  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 278 aa  168  8e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 278 aa  152  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 281 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  35.09 
 
 		 280 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 280 aa  145  9e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  35.53 
 
 		 278 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 297 aa  92.8  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 304 aa  92.8  5e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 296 aa  92  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 286 aa  89.7  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 298 aa  89  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 309 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 316 aa  85.9  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 288 aa  85.5  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.24 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  28.57 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  28.57 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  28.57 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  28.57 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  28.57 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  28.57 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  28.57 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.44 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  25.91 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  27.84 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  27.61 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  25.53 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  30.4 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  24.48 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  30.4 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  30.4 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2160  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  30.4 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5622  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.62 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.79 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  29.03 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  29.03 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  29.03 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1007  fhu operon transcription regulator  28.35 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000456933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>