More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1311 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 268 aa  557  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 278 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  27.99 
 
 		 281 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 280 aa  94  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  31.48 
 
 		 278 aa  91.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  29.56 
 
 		 280 aa  88.2  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 278 aa  87.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 273 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 257 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26640  transcriptional regulator  28.46 
 
 		 294 aa  68.6  0.00000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.139135  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  33.06 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27000  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.25 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 316 aa  65.9  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  26.21 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  32.56 
 
 		 289 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  28.57 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.59 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2231  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  37.76 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08730  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188975 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  37.65 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.81 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 339 aa  62.4  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 311 aa  62.4  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1190  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 332 aa  62.4  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 306 aa  62  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 328 aa  62  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 350 aa  62  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 307 aa  62  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 363 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 298 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1321  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.428076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.97 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.97 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  30.41 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  29.91 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  28.47 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  31.31 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  31.31 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  31.31 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  31.31 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  31.31 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1073  fhu operon transcription regulator  35.05 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000339087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>