More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4058 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  82.37 
 
 		 281 aa  479  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 278 aa  236  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  44.92 
 
 		 280 aa  229  3e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  42.18 
 
 		 278 aa  228  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 289 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 279 aa  152  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 280 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 302 aa  92  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  29.11 
 
 		 268 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2323  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3696  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.51893 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2160  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 294 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 319 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 319 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 319 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 319 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 323 aa  75.5  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 286 aa  75.5  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  24.19 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 418 aa  75.5  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  23.97 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 315 aa  72.4  0.000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 318 aa  72.4  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 317 aa  72.4  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  24.7 
 
 		 319 aa  72  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  24.7 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.19 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  24.7 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  24.7 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  24.7 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  26.26 
 
 		 323 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  25.98 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4431  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  23.37 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.95 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  30.95 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  30.95 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0551  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.863373 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1877  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.018924  normal  0.0294674 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1497  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 302 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.25861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  24 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0337  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0334498  normal  0.771059 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1472  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 302 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.477242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1889  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1473  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 302 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>