More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3019 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 280 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  82.37 
 
 		 278 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  68.23 
 
 		 278 aa  392  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  45.7 
 
 		 281 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 278 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 289 aa  199  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 279 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 273 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 318 aa  99  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.17 
 
 		 319 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.17 
 
 		 319 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.17 
 
 		 319 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.17 
 
 		 319 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  28.17 
 
 		 319 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 292 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 319 aa  92.8  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 319 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 319 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 319 aa  92.8  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 319 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 319 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  92.4  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  27.8 
 
 		 296 aa  92.4  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 319 aa  92  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.31 
 
 		 304 aa  90.9  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.78 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 299 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.78 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  27.78 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.69 
 
 		 302 aa  90.1  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 315 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.08 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 319 aa  89  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 280 aa  89  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 319 aa  89  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  29.56 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.08 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.08 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.08 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.08 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.08 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 312 aa  86.7  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 293 aa  86.3  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 300 aa  85.9  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 286 aa  86.3  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 300 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 332 aa  85.9  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 320 aa  85.9  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.74 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  26.17 
 
 		 317 aa  85.5  8e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 306 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.84 
 
 		 311 aa  85.5  9e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.47 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>