More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1312 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  580  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 279 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 279 aa  145  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 278 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  26.37 
 
 		 281 aa  106  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 278 aa  99.8  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  28.72 
 
 		 268 aa  94  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  28.29 
 
 		 280 aa  89  7e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  31.5 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  27.94 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.05 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  29.95 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  30.27 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 257 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1252  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  25.74 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1449  LysR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 336 aa  68.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319275 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0392  LysR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.79 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1077  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.134423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3164  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00370809  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0729  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.570486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  24.05 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  23.86 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  27.62 
 
 		 323 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 323 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 302 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4014  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.548061  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  24.58 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.98 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.42 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.94 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2948  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.871741  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2921  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.493083  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3170  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3178  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3155  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.921002  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2085  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  27.45 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  33.66 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  27.45 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  27.45 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 323 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  27.45 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  27.45 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>