More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2423 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  607  1e-173  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  58.8 
 
 		 298 aa  293  2e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  54.67 
 
 		 298 aa  286  4e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 297 aa  266  4e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3536  transcriptional regulator, LysR family  51.34 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246229  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1832  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 298 aa  218  2e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0310  transcriptional regulator, LysR family  46.84 
 
 		 287 aa  189  5e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.76271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0639  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.87643  normal  0.130782 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3502  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0949  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.634879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1350  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3381  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1471  transcriptional regulator, LysR family  25.33 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6757  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3271  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045725 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0050  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0160  transcription regulator protein  32.55 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0053  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  29.09 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0392  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  25.89 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 327 aa  78.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3048  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3530  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0869195  normal  0.311442 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  24.6 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0270  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2881  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.652034  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.96 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.8 
 
 		 325 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  30.7 
 
 		 299 aa  75.9  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 323 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2899  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  25.41 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  29.73 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>