More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1252 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1252  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  619  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  32.31 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 312 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.72 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 317 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  30.72 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.45 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1778  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000761412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1916  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0657607  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  24.32 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.45 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.43 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.43 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1757  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 289 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 298 aa  108  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 298 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.43 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1735  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.173814  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.43 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.43 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  32.13 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.43 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  23.93 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 311 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 309 aa  106  6e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 322 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.64 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 334 aa  105  7e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>