More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4140 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4140  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  559  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3686  LysR family transcriptional regulator  94.51 
 
 		 279 aa  529  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0481  LysR family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 279 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.863841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4324  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 278 aa  159  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4058  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3712  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 281 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1312  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000449506 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  34.08 
 
 		 278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  33.18 
 
 		 280 aa  135  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3265  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343145 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 302 aa  92.8  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 330 aa  90.5  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 304 aa  86.3  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 288 aa  85.9  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 303 aa  85.9  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  85.5  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  25.91 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  28.36 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  28.73 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  28.36 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  28.36 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  28.36 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  28.36 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  28.36 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1528  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.946489  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.38 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  26.22 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.79 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 299 aa  82  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  29.8 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  29.8 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  29.8 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  29.8 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  28.81 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  28.81 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0095  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.768666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  28.81 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1311  transcriptional regulator-like protein  25 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000442274 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  19.79 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  27.61 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2160  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 298 aa  78.6  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 307 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.32 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  24.11 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  21.55 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>