More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2160 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2160  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  580  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 289 aa  218  7e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1528  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.946489  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.93 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.93 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4319  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  33.47 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 309 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0719  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 289 aa  95.5  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.02 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.02 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.02 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.02 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.02 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.02 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 300 aa  92.4  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 300 aa  92.4  7e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 307 aa  92.8  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 302 aa  92.4  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  35.68 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  34.12 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  25.67 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 317 aa  90.5  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2462  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  31.47 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 278 aa  90.1  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 301 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.79 
 
 		 328 aa  89.7  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 320 aa  89.4  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 317 aa  88.2  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 350 aa  88.2  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  31.23 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.51 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.82 
 
 		 296 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  28.52 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4009  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 286 aa  87.4  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.671239  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1077  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.134423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  27.76 
 
 		 292 aa  87  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3915  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 320 aa  86.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.1 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.1 
 
 		 295 aa  86.3  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.51 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.51 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.51 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.51 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.51 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.66 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.66 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.66 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.69 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.65 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>