More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4319 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4319  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 276 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1528  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.946489  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  33.67 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2160  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  33.33 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2797  regulatory protein, LysR  34.02 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.454045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  33.74 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 299 aa  99.8  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4603  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0142  LysR family malolactic regulator  26.16 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000010919  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 302 aa  95.5  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 302 aa  94.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 278 aa  94.7  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 290 aa  94.7  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  33.08 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  30.8 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1646  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 293 aa  91.3  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 312 aa  90.9  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0620  transcriptional regulator, LysR family  25.53 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 306 aa  90.5  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1533  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 293 aa  90.1  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.289037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 301 aa  89.7  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.67 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 312 aa  89.4  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.98 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  28.98 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 297 aa  89  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  28.52 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  24.66 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.98 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.39 
 
 		 328 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8089  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 309 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 343 aa  87.4  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 293 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2682  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  29.02 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  28 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1847  transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 315 aa  86.3  5e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 311 aa  86.3  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4146  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 313 aa  86.3  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.517871 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  28.97 
 
 		 327 aa  86.3  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.98 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 308 aa  85.9  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.51 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 308 aa  85.9  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 311 aa  85.5  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  27.84 
 
 		 294 aa  85.5  8e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 304 aa  85.5  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 296 aa  85.5  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09290  transcriptional regulator  31.66 
 
 		 316 aa  85.5  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.240748  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.34 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.63 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1893  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.72 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.93 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  33.06 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>