More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2743 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  96.04 
 
 		 303 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 		 305 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  81.33 
 
 		 309 aa  500  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  81 
 
 		 308 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  80.33 
 
 		 308 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  80.33 
 
 		 309 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  79.4 
 
 		 305 aa  490  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 		 304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  50.5 
 
 		 304 aa  315  6e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 304 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 329 aa  309  4e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 306 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 304 aa  306  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 312 aa  299  4e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  46.67 
 
 		 310 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  47.35 
 
 		 310 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 347 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 305 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  43.33 
 
 		 306 aa  279  5e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 302 aa  262  4e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  37.39 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.12 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 309 aa  95.9  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 320 aa  91.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  25.8 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  22.78 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 320 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  28.64 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  22.78 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  26.82 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28 
 
 		 306 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 343 aa  85.5  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  26.42 
 
 		 295 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  22.42 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  27.17 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.49 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  24.74 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  22.06 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7661  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  22.45 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  25.3 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  23.47 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  26.44 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1077  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.134423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  24.06 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.61 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>