More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1230 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 222 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  78.79 
 
 		 302 aa  322  4e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 310 aa  177  9e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.62 
 
 		 308 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  40.72 
 
 		 304 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 312 aa  172  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 303 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 303 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  40.99 
 
 		 308 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 304 aa  167  9e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 304 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  41.71 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  37.56 
 
 		 305 aa  165  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 329 aa  162  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 306 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 347 aa  160  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  38.12 
 
 		 309 aa  155  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  37.39 
 
 		 309 aa  155  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 301 aa  151  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 301 aa  151  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.87 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  28.8 
 
 		 332 aa  82  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 304 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 305 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0804  transcription regulator protein  27.27 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.540321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  24.24 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 312 aa  72  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 309 aa  72  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 309 aa  72  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 297 aa  72  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 294 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  22.84 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.13 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  28.92 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 317 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  22.84 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  22.34 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1844  LysR family transcription regulator  25.85 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00735854  normal  0.299605 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  27.57 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  28.82 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  22.34 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  22.84 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  68.9  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  22.34 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 324 aa  68.9  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 313 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  23.23 
 
 		 316 aa  68.6  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 326 aa  68.6  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 316 aa  68.6  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  27.96 
 
 		 276 aa  68.6  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  22.84 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 309 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 292 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.1 
 
 		 317 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 295 aa  68.2  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  26.04 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  27.47 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>