More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6326 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  613  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 306 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  69.08 
 
 		 304 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  72.01 
 
 		 304 aa  435  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 304 aa  435  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 329 aa  433  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  67.88 
 
 		 305 aa  430  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  67.77 
 
 		 347 aa  417  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 305 aa  335  5e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  51.67 
 
 		 305 aa  328  5.0000000000000004e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  51.34 
 
 		 309 aa  325  6e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  51.35 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  51.85 
 
 		 308 aa  322  6e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.84 
 
 		 308 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 303 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 303 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  50.33 
 
 		 310 aa  305  5.0000000000000004e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  53.04 
 
 		 301 aa  305  7e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  53.04 
 
 		 301 aa  305  7e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 312 aa  298  6e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  49.34 
 
 		 310 aa  294  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 302 aa  288  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.54 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  40.72 
 
 		 222 aa  172  5.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  28.95 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.89 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.52 
 
 		 299 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.52 
 
 		 299 aa  99  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.52 
 
 		 299 aa  99  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.52 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  26.52 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.52 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 293 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.79 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 299 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  25.57 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  27.27 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 317 aa  92.8  6e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 307 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 312 aa  90.5  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  27.52 
 
 		 327 aa  90.5  3e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 320 aa  90.5  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02580  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 309 aa  90.9  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  22.27 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.8 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 308 aa  90.1  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  29.18 
 
 		 309 aa  89.4  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  27.41 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 316 aa  88.2  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.41 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.41 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  27.41 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 319 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>