More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_06400 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  591  1e-168  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0790  transcriptional regulator, LysR family  51.08 
 
 		 361 aa  250  3e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.156253  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  44.17 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2847  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.113513  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2214  transcriptional regulator, LysR family  39.62 
 
 		 331 aa  177  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00637243  hitchhiker  0.0000100352 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0641  transcriptional regulator, LysR family  41.07 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2560  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 325 aa  170  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000128008 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02580  transcriptional regulator  43.72 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4722  transcriptional regulator, LysR family  39.34 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1275  transcriptional regulator, LysR family  41.8 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1383  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0112  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.262181  normal  0.0290414 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  119  7e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 293 aa  119  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  32.43 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  22.22 
 
 		 294 aa  113  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 343 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  36.55 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.81 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  33.59 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.41 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4603  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>