More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0790 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0790  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 361 aa  686    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.156253  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  51.39 
 
 		 305 aa  276  5e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2214  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 331 aa  169  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00637243  hitchhiker  0.0000100352 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0641  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 309 aa  163  5.0000000000000005e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2847  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 327 aa  160  5e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.113513  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2560  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 325 aa  159  8e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000128008 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  30.35 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 300 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  28.31 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02580  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 309 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 294 aa  138  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 300 aa  136  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 294 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4722  transcriptional regulator, LysR family  33.63 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0112  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.262181  normal  0.0290414 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1275  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 301 aa  119  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.54 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4603  LysR family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 294 aa  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 297 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 310 aa  104  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08730  transcriptional regulator  26.63 
 
 		 303 aa  104  3e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188975 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 311 aa  104  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 296 aa  104  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 299 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 299 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 316 aa  99.4  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 343 aa  97.4  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 320 aa  97.4  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 296 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1383  transcriptional regulator, LysR family  24.46 
 
 		 300 aa  96.3  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 317 aa  95.5  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 296 aa  95.9  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  29.91 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 301 aa  92.8  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 310 aa  92.4  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  30.1 
 
 		 311 aa  92.4  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.69 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 311 aa  92.4  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 299 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.66 
 
 		 304 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  24.52 
 
 		 290 aa  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  30.94 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  29.82 
 
 		 301 aa  91.3  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 301 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 310 aa  90.5  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  32.12 
 
 		 302 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.84 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.84 
 
 		 302 aa  89.7  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 300 aa  89.7  8e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 300 aa  89.7  8e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  22.43 
 
 		 300 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 303 aa  89  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.54 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  22.12 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 295 aa  87.8  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>