More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0112 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0112  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  582  1.0000000000000001e-165  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.262181  normal  0.0290414 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02580  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2560  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000128008 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2847  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 327 aa  134  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.113513  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2214  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00637243  hitchhiker  0.0000100352 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4722  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0790  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.156253  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0641  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 343 aa  107  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.57 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 304 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 298 aa  99.4  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.34 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.34 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 312 aa  98.2  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.34 
 
 		 302 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.74 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4603  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 296 aa  96.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 304 aa  95.9  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 298 aa  95.9  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 298 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  26.8 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.87 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.87 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.87 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.87 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 305 aa  94  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.87 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.87 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.95 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3837  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.31 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.31 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  31.01 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  27.23 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.1 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  26.46 
 
 		 308 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.19 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1383  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  26.46 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  26.46 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.81 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  26.46 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.81 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  26.81 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.81 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.81 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.08 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>